Начало создания службы медицины катастроф (экстренной медицинской помощи) в СССР было положено постановлением Совета Министров СССР от 07.04.1990 года № 339 «О создании в стране службы экстренной медицинской помощи в чрезвычайных ситуациях».
В развитие требований этого постановления приказом Министра здравоохранения СССР от 14.05.1990 года № 193 были определены организационные принципы создания службы экстренной медицинской помощи (далее — СЭМП) на базе учреждений здравоохранения. В структуре СЭМП предлагалось иметь центры экстренной медицинской помощи.
В Российской Федерации (в составе СССР) СЭМП создавалась в соответствии с постановлением Совета Министров РСФСР от 14.06.1990 года № 192 «О создании службы экстренной медицинской помощи в чрезвычайных ситуациях» и приказом Минздрава РСФСР от 11.07.1990 года № 115 «О создании службы экстренной медицинской помощи при чрезвычайных ситуациях». В феврале 1991 года Минздравом СССР было утверждено Положение о службе экстренной медицинской помощи населению в чрезвычайных ситуациях. Во исполнение выше перечисленных документов в 1991 году в Томской области приступили к созданию СЭМП.

«Томская областная служба экстренной медицинской помощи», являвшаяся предшественницей службы медицины катастроф, была сформирована приказом Отдела здравоохранения Исполнительного Комитета Томского областного Совета Народных Депутатов № 275 от 30.04.1991 г. Этим же приказом на базе Томской областной клинической больницы (отделение экстренной и планово-консультативной помощи) был сформирован ее орган управления «Томский областной Центр экстренной медицинской помощи» (далее — ЦЭМП).. Центр находился в ведомственном подчинении Отделу здравоохранения Томского облисполкома.

Его первым директором стал Кулеш Николай Николаевич, пришедший с должности заместителя главного врача Областной клинической больницы.

В первые годы функционирования ЦЭМП были определены цели и задачи, разработана и обоснована организационно-штатная структура, организовано материально-техническое оснащение центра. ЦЭМП принял активное участие в разработке концепции оказания экстренной медицинской помощи в Томской области.
Была оказана существенная организационно-методическая помощь руководством системы здравоохранения местного уровня в создании служб медицины катастроф.
С 1998 года приказом начальника Управления здравоохранения Администрации Томской области ЦЭМП стал именоваться областным центром медицины катастроф.

В 2004 году на должность директора центра был назначен Будяну Сергей Георгиевич, работавший до этого заместителем главного врача по медицинской части областной психиатрической больницы.

В соответствии с приказом Министерства здравоохранения и социального развития РФ от 07.10.2005г. № 627 «Об утверждении Единой номенклатуры государственных и муниципальных учреждений здравоохранения» и приказом Департамента здравоохранения Томской области от 25.10.2005г. № 351 Государственное учреждение здравоохранения «Областной центр медицины катастроф» был переименован в Областное государственное учреждение здравоохранения «Территориальный центр медицины катастроф» (ОГУЗ «ТЦМК») с правом юридического лица.

С 27.01.2011 года ОГУЗ «ТЦМК» возглавил Левшин Артем Вячеславович, пришедший с должности старшего преподавателя кафедры Военно-полевой терапии Томского военно-медицинского института (филиала) Военно-медицинской академии им. С.М.Кирова (подполковник медицинской службы, кандидат медицинских наук, доцент кафедры).

Приказом Департамента здравоохранения Томской области от 22.08.2011г. № 292 «Об утверждении новой редакции Устава областного государственного учреждения здравоохранения «Территориальный центр медицины катастроф» регламентировано переименование Областного государственного учреждения здравоохранения «Территориальный центр медицины катастроф» в Областное государственное казённое учреждение здравоохранения «Территориальный центр медицины катастроф».

С 19.07.2016 года на должность директора Центра назначен Денисов Николай Львович, ранее занимавший должность заместителя директора ОГКУЗ "ТЦМК" по организационно-методической работе.

Распоряжением Администрации Томской области № 362-ра от 20.06.2017 г. " Об изменении типа областного государственного казенного учреждения здравоохранения "Территориальный центр медицины катастроф"" с 04.07.2017 года регламентировано переименование Областного государственного казенного учреждения здравоохранения «Территориальный центр медицины катастроф» в Областное государственное бюджетное учреждение здравоохранения «Территориальный центр медицины катастроф».

На текущий момент внимание руководства центра сосредоточено на завершении создания Территориальной службы медицины катастроф, как единого целого, разработке планирующих документов, обучении должностных лиц и специалистов, создании нештатных формирований, накоплении резерва медицинского имущества.

В структуре здравоохранения области ТЦМК выполняет функции органа повседневного управления службы медицины катастроф Томской области в соответствии с Положением о службе медицины катастроф Министерства здравоохранения Российской Федерации.